1968 Ankara doğumlu olup İlköğrenimini Giresun’da, Ortaöğrenimini İstanbul’da tamamladı. 1994 yılında İ.Ü. Cerrahpaşa Tıp Fakültesi’nden mezun oldu.
Uzmanlık eğitimini 1995-2000 yılları arasında İstanbul Şişli Hamidiye Etfal Hastanesi’nde tamamlayarak Genel Cerrahi uzmanı oldu. 2000-2002 yıllarında Uzman olarak, 2002-2017 yılları arasında ise Başasistan olarak aynı hastane Genel Cerrahi Kliniğinde görev yaptı.
2018 yılı Ocak ayında S.B.Ü. Şişli Hamidiye Etfal Eğitim ve Araştırma Hastanesi Başhekim Yardımcılığına atanan Op.Dr. İsmail Ethem AKGÜN evli ve iki çocuk babasıdır.